Строительство костела началось в 1762 году по проекту Ж.-Б. Валлен-Деламота. Архитектор задумал главный фасад храма в виде торжественной арки, опирающейся на свободно стоящие колонны и увенчанной аттиком и парапетом со статуями Евангелистов и ангелов. С соседними домами фасад соединяют каменные ограды, прорезанные арками ворот. После того, как в 1775 году Валлен-Деламот уехал из России, строительство заканчивал А. Ринальди. Освящение храма состоялось 7 октября 1783 года.

Храм постоянно переходил из рук в руки от одного католического ордена к другому. Екатерина II осле постройки храма передает его францисканцам, Павел I - иезуитам (1800-1815 годы), после изгнания из России иезуитов Александр I передает храм в руки доминиканцев (1816-1893 годы). Но и после того, как в костеле начали избираться епархиальные священники, при храме продолжала действовать доминиканская община.

Здесь какое-то время покоились останки двух польских королей - Станислава Понятовского (похоронен в 1798 году) и Станислава Лещинского, останки которого после уничтожения его могилы в Париже во время Великой французской революции разыскиваются по приказу Александра I и перезахороняются в 1858 году в крипте костела. Останки Лещинского возвращаются в Польшу в 1922 году, а в 1938 году, когда закорывают костел, в Польшу вывозят и останки Понятовского.

В костеле до сих пор покоятся останки французского маршала Жана Виктора Моро.

В этом костеле в свое время венчался Ж.Дантес (убийца Пушкина) и Е. Гончарова (сестра жены Пушкина).

В 1938 году советские власти закрывают костел. 20-летняя девушка, имя которой так и осталось неизвестным, тайком выносит из костела распятие и передает его в единственный действующий тогда в Ленинграде костел Лурдской Божьей Матери. В 1998 году, после варварского разграбления в 1930- годы и пожара в 1984 году, костел снова отдается верующим, распятие возвращается на свое место.